隋维强在《村民自治的现状及其完善对策》 中认为被誉为中国改革开放三十年中农民三个”伟大创造”之一的”村民自治”，是中国民主建设的新起点。他认为我国村民自治的总体现状是：有所成绩，发展面临困境，问题重重。成绩主要表现在：民主选举成效初显；制度建设逐步完善；农民的民主、权利、程序的意识趋于确定三个方面。问题表现在政治、经济、文化方面。政治方面的问题表现在制度不完善，经济方面主要体现在农村经济基础薄弱，文化方面农民的民主意识还很缺乏。他为完善我国村民自治提出以下四点建议：民主自治需要深化政治体制改革，为村民自治的运行提供良好的外部环境；完善法律法规，实现村民自治的法律化和制度化；大力发展农村经济，为村民自治提供物质基础；加强社会主义政治文明和精神文明建设，提高村民自治主体的政治素质和民主意识。

张明新、伏晓在《村民自治: 问题、对策及对我国民主政治建设的影响》一文中写道：我国村民自治的问题主要体现在三个层面：制度体系层面、理论研究层面和实际运作层面。村民自治制度体系层面存在的主要问题是制度体系不够健全且立法建制不平衡，村民自治精神不够明确。他们认为村民自治制度体系层面上存在的问题，可采取建立健全与村民自治相应的法律制度体系以及发展、完善有关村民自治立法或建制途径来解决。村民自治的理论研究层面上的主要问题是：理论研究相对于村民自治的实践严重滞后与脱节。他们针对这个问题，建议建立和加强村民自治的专门研究机构，组织一批理论研究人员或对分散在其他机构中的村民自治研究人员予以资助支持。在村民自治实际运作层面上，他们发现了三点问题并给出了解决方案。针对乡政管理与村民自治相脱节问题，他们提出三点建议：合理划分权限、规范政府行为、改进乡政管理工作方式。针对村级党组织与村民自治组织之间的协调性不够，他们认为首先从制度上合理划分党组织和村民自治组织的职权范围；其次要改进村党组织的领导方式和工作方法；再次，可通过在村级党组织内部引进吸取类似村民自治组织的民主选举一类的公开竞争机制，扩大党组织的权威基础。对于村民自治运作中政务与村务划分不够合理和明确，他们认为在村民自治实践中政务和村务要有合理、明确的划分，并根据事务性质不同建立必要的组织分工机制。

田承春在《城乡一体化中村民自治问题探析》中写到：城乡一体化进程给村民自治带来诸多方面的挑战：给村民自治的民主选举带来挑战、给村民自治的民主决策与管理带来挑战、给村民自治的民主监督带来挑战等等。他在文章中也阐述了自己对这些问题的看法，他认为处理好乡镇政府、村党支部与村民委员会的关系，是实现村民自治的前提；切实维护村民权益，尤其是提高村民素质，是实现村民自治的基础；塑造公民文化，取代依附文化，是实现村民自治的条件；落实四大民主权利，是实现村民自治的核心。民主选举、民主决策、民主管理、民主监督四大民主权利是实现村民自治的核心内容；立体监督体系的构建和监督权力的行使，是社会主义新农村建设、顺利推进城乡一体化和构建和谐社会的体制保障。

曹利在《村民自治的困境与出路》中分析了村民自治的困境以及出路。他认为我国村民自治的困境有：村民对村民自治诉求的合理性与村民自治制度的滞后性之间的矛盾；政府特别是乡镇政府对村民自治的不当干预；村委会与村党支部之间的不协调；欠发达地区缺乏经济资源，村委会运转难以为继。针对村民自治面临的现实问题，他提出具有可操作性和实用性的方案：修改现有法律、创制新的规则；规范各种关系、明确权限责任；创新自治方法、提升民主技能；转移经费支持、增强自治活力。

王燕在《当代中国村民自治的现状及其发展趋势的正当性分析》中写道：村民自治作为在社会主义市场经济体制下的农村基层的一种新的组织形态，从静态上，它是农村政治、经济、文化发展的内在需求与国家支持、引导等合力作用的结果。从动态上，村民自治作为当代中国的现实政治存在，其存在的合理性依据在于不断地实践着民主与秩序的政治价值理想。是个具体的、历史的发展过程，作为一个过程性存在其现实性与潜能性的张力在于由民主政治、国家秩序的价值规范通向政治正义的价值导向的实现程度。即村民自治的现实存在、发展的路径选择的正当性的最高参照是政治正义。她认为，因几千年封建专制政治的影响，民主作为一个舶来品在中国发展以短暂性、稀缺性为特征。但在广大乡村我们看到了中国民主政治发展新曙光，中国农村村民自治产生和发展有其必然性。但是，同任何民主形式一样，村民自治的发展不可能是一帆风顺的，而是一个不断发展、完善的历史过程。但无论如何，村民自治从一开始就孕育着极大的内源动力，又经过了十年的发展，已开始冲破传统的樊篱，以民主与秩序为价值纬度，形成自身的发展逻辑轨道，在政治正义的目标导航下，正在蓬勃发展。毋庸置疑，这种强有力的内源推动力与国家外在推动力交互作用形成一种合力，将决定中国农村基层民主的发展方向，推动其渐进式地向前发展。