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D-海因酶基因挖掘与生物信息学分析任务书

 2020-05-01 08:50:31  

1. 毕业设计(论文)的内容和要求

海因酶主要用于手性氨基酸的生物合成。

d-海因酶在工业、农业、医药领域应用十分广泛,它可以通过催化5”替代海因开环水解为n-氨甲酰-d-氨基酸,后者可以在水解酶的作用下进一步水解脱n-氨甲酰基,得到合成半合成抗生素、甜味剂、型新农药、以及一些抗癌剂、抗菌剂所急需的d-氨基酸。

本研究主要通过基因序列库挖掘d-海因酶基因序列,随后通过分子模拟从三级结构上了解海因酶的作用机制。

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2. 参考文献

1.Arnold K, Bordoli L, Kopp J, et al. The SWISS-MODEL workspace a web-based environment for protein structure homology modelling 2.El-Hachem N, Haibe-Kains B , Khalil A , et al. AutoDock and AutoDockTools for Protein-Ligand Docking Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1(BACE1) as a Case Study 3.Wang, J., Wolf, RM., Caldwell, JW., Kollman, PA., Case, DA. (2004). Development and testing of a general amber force field. J. Comput. Chem. 25,1157#8211;1174 4.Schallmey M, Koopmeiners J, Wells E, et al. Expanding the Halohydrin Dehalogenase Enzyme Family: Identification of Novel Enzymes by Database Mining[J]. Applied Environmental Microbiology, 2014, 80(23):7303. 5.May O , Siemann M , Pietzsch M , et al. Substrate-dependent enantioselectivity of a novel hydantoinase from Arthrobacter aurescens DSM 3745: Purification and characterization as new member of cyclic amidases[J]. Journal of Biotechnology, 1998, 61(1):1-13. 6.Jin Y Y , Li Y D , Sun W , et al. The whole-cell immobilization of D-hydantoinase-engineered Escherichia coli for D-CpHPG biosynthesis[J]. Electronic Journal of Biotechnology, 2016, 21(C):43-48. 7.Javier Las Heras‐V#225;zquez, Francisco, Rodr#237;guez‐Vico, Felipe. Hydantoin Racemase: The Key Enzyme for the Production of Optically Pure α‐Amino Acids[M]// Modern Biocatalysis: Stereoselective and Environmentally Friendly Reactions. Wiley‐VCH Verlag GmbH Co. KGaA, 2009.

3. 毕业设计(论文)进程安排

2018.12.25~2018.12.31 下达课题任务,查阅文献,做好开题前期准备工作; 2018.12.31~2019.1.23 完善课题研究方案,完成外文翻译、文献综述和开题报告工作,组织开题论证和初期检查工作; 2019.1.23~2019.6.7 课题的实验、设计、调研及结果的处理与分析,完成毕业论文和答辩PPT的写作; 2019.6.7~2019.6.14 课题论文答辩。

2019.6.14~2019.7.5 完成毕业设计(论文)教学质量的分析、总结和评优工作,做好材料的收集、整理和归档工作。

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