1. 毕业设计（论文）的内容和要求

内容： k-mer方法是生物序列中一种经典的比较生物序列相似性的方法，但是其计算开销很大，对于长度较大的序列，计算速度较慢。

该课题拟对该算法进行改进，使用信号处理方法对k-mer方法进行改进。

拟降低计算开销，提高计算速度，设计一种较为快速且可靠的比较生物序列相似性的方法。

2. 参考文献

[1]Milan Randi#263;, Marjan Vra#269;ko,Nella Ler#353;,Dejan Plav#353;i#263;. Analysis of similarity/dissimilarity of DNA sequences based on novel 2-D graphical representation[J] 2003,Chemical Physics Letters(1):202-207 [2] Bai-Lin Hao. Fractals from genomes #8211; exact solutions of a biology-inspired problem[J] 2000,Physica A: Statistical Mechanics and its Applications(1):225-246 [3] 张鑫鑫,陈波,何继凌,徐云.生物序列数据K-mer频次统计问题的算法 [J]. 计算机系统应用. 2014 (04) [4] 余宏杰.生物序列特征信息提取方法及其应用 [D]. 中国科学技术大学. 2013 [5] 赵裕众.生物序列分析算法的研究及其应用 [D]. 中国科学技术大学. 2010 [6] 杨洁,刘海.生物序列比对算法的研究现状 [J]. 中国科技信息. 2011 (09) [7] 陈玉敏.DNA序列相似性比对算法研究 [D]. 中南大学. 2014 [8] 刘红梅,刘国庆.基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法 [J]. 生物信息学. 2013 (02) [9] 杨烨,刘娟.第二代测序序列比对方法综述 [J]. 武汉大学学报(理学版). 2012 (05) [10] 张鑫鑫.生物序列数据K-mer频次统计与可视化研究 [D]. 中国科学技术大学. 2014 [11] 张磊.对基因组拼接算法的深入分析和探讨 [J]. 电脑知识与技术. 2015 (33) [12] 董改芳,付学良,李宏慧. 多序列星比对算法的改进及其在Spark中的并行化研究 [J]. 计算机科学. 2017 (10) [13] 王辉,于立君,张旭,高菁,魏智红.软件实验DNA k-mer index四字链表字典树检索算法 [J]. 实验室科学. 2018 (01) [14] 李小林,黄世国.基于K-mer-SVM的piRNA预测 [J]. 福建农林大学学报(自然科学版). 2016 (02) [15] 史晓楠,徐澜,徐丹丹,高慧慧.一种改进的基于Hash算法及概率的k-mer索引方法 [J]. 通信电源技术. 2017 (03) [16] 尼玛达瓦.基因组序列k-mer频次分析及核小体结合模体的理论预测和验证 [D]. 内蒙古大学. 2016

3. 毕业设计（论文）进程安排

2018年12月18日-2018年12月20日 任务书下达 2018年12月20日-2019年1月12日 收集资料，熟悉课题，完成开题报告 2019年2月1日-2019年2月15日 针对系统，进行需求分析。

2019年2月15日-2019年3月1日 概要设计与详细设计。

2019年3月1日-2019年6月1日 读文献，课题学习、研究，编写程序。