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1. 毕业设计（论文）的内容、要求、设计方案、规划等

随着基因组测序技术的进步及测序数据的迅猛增长，20世纪80年代末一门汇聚生物学、数学和计算机的综合力量的新兴学科生物信息学兴起，主要包含建设和发展分析工具和数据库两个方面。

目前，发达国家已创立了一些用于开发并维护各自的数据库和工具的研究机构，较早地对生物信息学的领域进行了研究，主要包括由ncbi(美国国家生物技术信息中心)开发的protein、pubmed、genbank等数据库，ebi(欧洲生物信息研究所)提供的embl软件工具和生物信息学数据库，ddbj(日本dna数据库)等。

国内主要的研究机构有cbi(北京大学生物信息站点), 中科院上海生命科学研究所的生物信息中心和天津大学的生物信息中心。

2. 参考文献（不低于12篇）

1. 马云云, 新一代DNA测序数据的重叠群组装算法的研究与实现. 2016, 哈尔滨工业大学.2. 江育娥, 黄伟, and 林劼, 下一代测序纠错方法综述. 北京工业大学学报, 2016. 42(3): p. 377-386.3. 颜珂, et al., 面向新一代基因测序数据的拼接算法综述. 计算机应用研究, 2016. 33(9): p. 2573-2578.4. 江育娥, 黄伟, 林劼, 下一代测序纠错方法综述. 北京工业大学学报, 2016(3).5. 曾培龙, 基于reads引导的基因组序列拼接算法. 智能计算机与应用, 2015. 5(3): p. 23-25.6. 王春宇, 生物高通量测序片段拼接与分子标记识别算法研究. 2015, 哈尔滨工业大学.7. 杨悦, et al., 第三代DNA测序及其相关生物信息学技术发展概况. 食品研究与开发, 2015(10): p. 143-148.8. 丁茂华, 生物序列数据库相似性搜索算法研究[硕]. 2013, 扬州大学.9. 张同武, 植物细胞器基因组测序,组装及比较基因组学研究. 2012, 浙江大学.10. 郑纬民, 张华,王小川, 一种DNA测序纠错算法. 软件学报, 2006. 17(2): p. 193-199.11. Ye, N., et al., Assembly and comparative analysis of complete mitochondrial genome sequence of an economic plant Salix suchowensis. Peerj, 2017. 5: p. e3148.12. Guo, W., et al., Complete mitochondrial genomes from the ferns Ophioglossum californicum and Psilotum nudum are highly repetitive with the largest organellar introns. New Phytologist, 2017. 213(1).13. Bucur, D., De Novo DNA Assembly with a Genetic Algorithm Finds Accurate Genomes Even with Suboptimal Fitness. 2017.14. Ray, S. and B.D. Setterberg, Large-error detection and correction of digital sample sequence from analog-to-digital converter. 2017.15. Wang, X., et al., Comparative Genomic Research of Thellungiella parvula (Extremophile Crucifer) Mitochondrion. International Journal of Genomics, 2016. 2016(3).16. Wei, S., et al., Assembly and analysis of the complete Salix purpurea L. (Salicaceae) mitochondrial genome sequence. Springerplus, 2016. 5(1): p. 1-10. 17. Miclotte, G., et al., Jabba: Hybrid Error Correction for Long Sequencing Reads Using Maximal Exact Matches. 2015: Springer Berlin Heidelberg. 1-12.18. Yang, X., S.P. Chockalingam, and S. Aluru, A survey of error-correction methods for next-generation sequencing. Briefings in Bioinformatics, 2013. 14(1): p. 56-66.19. English, A.C., et al., Mind the Gap: Upgrading Genomes with Pacific Biosciences RS Long-Read Sequencing Technology. Plos One, 2012. 7(11): p. e47768-e47768.10. Sergey Koren, M.C.S., Brian P. Walenz, Jeffrey Martin, Jason Howard, Ganeshkumar Ganapathy, Zhong Wang, David A. Rasko, W. Richard McCombie, Erich D. Jarvis, Adam M. Phillippy, Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads. Nature Biotechnology, 2012. 30(7): p. 693-700.