分子模拟利用适当的简化条件，将原子间的作用等效为质点系的运动，从而避免了求解繁琐的量子力学方程。

原子的运动遵从牛顿第二定律，质点系整体遵从哈密顿原理。

与之对应，完全从量子力学出发进行的原子计算称为”第一性原理计算”。

第一性原理计算虽然精度高，但是计算复杂，难以实现大规模的模拟。

而分子模拟则在保证精度的同时，大大扩展了原子的计算机模拟的使用范围。

第一性原理计算通常不过几十、几百个原子，而分子模拟甚至可以实现百万甚至千万个原子的运算。

分子模拟技术包括基于统计力学的模拟和基于量子力学的模拟。

前者主要分为两个方法：分子动力学模拟和蒙特卡洛模拟，在Allen等人撰写的专注中具体介绍了这两种算法[1]，后者为计算量子化学。

分子动力学模拟不涉及电子，在分子和原子尺度描述物质，在有准确力场的情况下，可以准确地描述分子之间的作用力并展示分子的结构。

，应用体系比较广。