1. 毕业设计（论文）的内容和要求

本课题通过搭建胶原蛋白纤维分子结构，使用gromacs进行全原子模拟，研究这种蛋白质在骨磷灰石形成中的作用。

1、 理解分子模拟的基本概念、原理、模拟软件； 2、 掌握胶原蛋白纤维分子结构搭建方法及全原子模拟方法的研究最新进展； 3、熟悉分子动力学模拟软件gromacs的基本知识，操作步骤，并学会使用； 4、合理安排实验进程，工作时间不迟到早退； 5、实验认真仔细，对实验现象进行详细的记录，定期对实验数据进行总结，及时调整实验方案； 6、 工作积极主动，勤于思考，做好实验室安全卫生工作。

2. 参考文献

1. Hulmes, D. J. S., Wess, T. J., Prockop, D. J. Fratzl, P. Radial packing, order, and disorder in collagen fibrils. Biophys. J. 68, 1661#8211;1670 (1995). 2. Traub, W., Arad, T. Weiner, S. 3-dimensional ordered distribution of crystals in turkey tendon collagen-fibers. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 9822#8211;9826 (1989). 3. Hodge, A. J. Petruska, J. A. in Aspects of Protein Structure (ed. Ramachandran, G. N.) 289#8211;300 (Academic, 1963). 4. Miller, A. Collagen: The organic matrix of bone. Phil. Trans. R. Soc. B 304, 455#8211;477 (1984) 5. Orgel, J. P. R. O., Irving, T. C., Miller, A. Wess, T. J. Microfibrillar structure of type I collagen in situ. Proc. Natl Acad. Sci. USA 103, 9001#8211;9005 (2006). 6. Glimcher, M. J. Muir, H. Recent studies of the mineral phase in bone and its possible linkage to the organic matrix by protein-bound phosphate bonds. Phil. Trans. R. Soc. B 304, 479#8211;508 (1984). 7. Landis, W. J., Song, M. J., Leith, A., Mcewen, L. Mcewen, B. F. Mineral and organic matrix interaction in normally calcifying tendon visualized in 3 dimensions by high-voltage electron-microscopic tomography and graphic image-reconstruction. J. Struct. Biol. 110, 39#8211;54 (1993). 8. Mahamid, J. et al. Mapping amorphous calcium phosphate transformation into crystalline mineral from the cell to bone in zebrafish fin rays. Proc. Natl Acad. Sci. USA 107, 6316#8211;6321 (2010). 9. Traub, W., Arad, T. Weiner, S. Origin of mineral crystal-growth in collagen fibrils. Matrix 12, 251#8211;255 (1992). 10. George, A. Veis, A. Phosphorylated proteins and control over apatite nucleation, crystal growth, and inhibition. Chem. Rev. 108, 4670#8211;4693 (2008).

3. 毕业设计（论文）进程安排

起讫日期 设计（论文）各阶段工作内容 15.1.4~15.3.10 文献调研，开题报告 15.3.10~15.5.21 开展实验工作 15.5.21~15.5.28 中后期实验阶段及数据收集 15.5.21~15.6.10 数据整理，撰写论文，准备答辩