基于荧光PCR的大西洋三文鱼物种鉴定方法研究毕业论文
2020-04-17 15:08:43
摘 要
目前有部分商家采用与其相近的虹鳟鱼等物种,冒充进口大西洋三文鱼(Salmo salar),迫切需要可靠便捷的鉴定方法。基于SYBR实时荧光PCR的物种鉴定方法已广泛用于物种鉴定,本论文提取了12种大西洋三文鱼及其相近物种的DNA用于特异性引物验证和灵敏度测定,并选购4种市售样品进行物种鉴定。
结果显示,12种特异性验证样品和4种市售样品DNA均提取成功,所设计引物SalmoF-1/SalmoR-1特异性强,对DNA浓度≥0.27ng/ul均能进行特异性扩增。4种市售样品仅Sal 1为大西洋三文鱼,Sal 4为虹鳟鱼。
本论文为建立针对大西洋三文鱼(S.salar)荧光PCR鉴定平台打下了基础,也提供了一种可靠便捷的关于大西洋三文鱼物种鉴定方法。
关键词:大西洋三文鱼 荧光PCR 物种鉴定
Abstract
At present, some businesses use similar species such as rainbow trout, impersonating imported Atlantic salmon (Salmo salar), there is an urgent need for reliable and convenient identification methods. The species identification method based on SYBR real-time fluorescent PCR has been widely used in species identification. In this paper, the DNA of 12 species of Atlantic salmon and their related species were extracted for specific primer verification and sensitivity determination. Four kinds of commercial samples were selected for species identification.
The results showed that DNA was extracted successfully from 12 kinds of specific verification samples and 4 kinds of commercial samples. The designed primers of SalmoF-1/SalmoR-1 were highly specific and could be used for specific amplification of DNA concentration ≥ 0.27ng/ul. Only Sal 1 is Atlantic salmon and Sal 4 is rainbow trout.
This paper lays a foundation for the establishment of fluorescent PCR identification platform for Atlantic salmon (S.salar), and also provides a reliable and convenient method for species identification of Atlantic salmon.
Key words: Atlantic salmon Fluorescent PCR Species identification
目 录
摘 要 I
Abstract II
第一章 文献综述 1
1.1大西洋三文鱼(Salmo salar) 1
1.2 大西洋三文鱼品种掺假 2
1.3 基于DNA检测的鉴定方法 3
1.4荧光实时PCR 3
1.5目的和意义 3
第二章 材料与方法 5
2.1 实验样品 5
2.1.1 特异性检验样品 5
2.1.2 市售样品 5
2.2实验主要仪器 6
2.3实验主要试剂 7
2.4 DNA提取 7
2.5 PCR引物设计方法 8
2.6 引物特异性检验 9
2.6.1普通PCR扩增 9
2.6.2实时荧光PCR扩增 10
2.7 灵敏度测定 10
2.8市售样品检测 10
第三章 结果与讨论 12
3.1 DNA提取 12
3.2 荧光PCR引物设计 13
3.3 引物特异性验证 14
3.3.1 普通PCR扩增结果 14
3.3.2 荧光PCR扩增结果 15
3.4 灵敏度检测 16
3.5 市售大西洋三文鱼样品检测结果 16
3.6物种鉴定与测序 18
第四章 结论与展望 19
4.1结论 19
4.2 展望 19
参考文献 20
致 谢 22
第一章 文献综述
1.1大西洋三文鱼(Salmo salar)
大西洋三文鱼(Salmo salar)主要分布在北大西洋海域及其周边河流中,三文鱼幼鱼在河流中生活1-4年后进入海洋生活,之后性成熟的大西洋三文鱼到繁殖季节会洄游到其出生的河流中进行产卵。而且大西洋三文鱼(S.salar)是多次繁殖的,即它们在产卵后不会死去,而是回到海洋中,来年重新洄游入河重复产卵。
幼鱼的颜色和成鱼阶段时的形态学特征和生活习性有诸多不同。当他们生活在淡水中时,身上有蓝色和红色的斑点,但成熟时,他们身体会呈现出银蓝色的光泽。同时它们的内分泌也会发生变化,以便适应从淡水到海水的渗透差异。在幼鱼时期,它们主要以河流中的浮游生物为食;在成鱼时期,他们的食物主要包括鱿鱼、虾和一些小型鱼类。
二十世纪以来,由于多度捕捞和生态环境的变化,许多河流中的野生大西洋三文鱼已经消失。工业化造成的河流污染严重损害了大西洋三文鱼的栖息环境,而河流的改道,水坝的修建也阻碍了其洄游。另外,气候的变化也是威胁大西洋三文鱼(S. salar)的一大因素。水温上升使浮游生物的数量上升,使未成熟的大西洋三文鱼提前进入海洋,最终可能时其产卵延迟甚至不再产卵。同时河流流量和数量的减少,又让大西洋三文鱼的栖息地进一步减少。现在野生大西洋三文鱼只占世界鱼类市场可供利用的大西洋三文鱼的0.5%。其余主要来自挪威、智利、加拿大、英国、爱尔兰、法罗群岛、俄罗斯和澳大利亚塔斯马尼亚等地的水产养殖。
大西洋三文鱼因色泽诱人、口感细腻、富含蛋白质和不饱和脂肪酸而风靡全球,近几年也受到国内消费者喜爱[1]。尤其在肌肉蛋白中所含氨基酸种类全面,总量大,必需氨基酸含量高,能满足人类的营养需求 [2-3]。据文献数据表示,大西洋三文鱼的生鲜鱼肉的总氨基酸含量将近30%,其中人类必需氨基酸含量约为13%,这一数值比一般食用经济淡水鱼类高出不少。
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